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O Herbário da Embrapa Amazônia Oriental foi criado em 1945 pelos botânicos João Murça Pires e William Archer, quando esse Centro se denominava Instituto Agronômico do Norte, sendo indexado sob a sigla IAN no Index Herbariorum. Desde 2004, está credenciado junto ao CGEN, como fiel depositário. Sua principal missão é gerar conhecimento e contribuir para o manejo e conservação da flora amazônica. O acervo científico constitui uma valiosa fonte de documentação e informação sobre a Amazônia, composto por 187 mil exsicatas, Xiloteca com oito mil amostras de madeira, Carpoteca com 700 frutos desidratados e 289 em meio líquido, Fototeca com ca. 30 mil fotografias de tipos e coleção de tipos nomenclaturais com ca. duas mil amostras, devidamente, acompanhadas da cópia de sua respectiva obra princeps. Coleções menores, mas não menos importantes, fazem parte desse patrimônio cientifico, como flores em meio líquido (321 amostras), sementes desidratadas (191), plântulas em meio líquido (54) e desidratadas (65 amostras). Vários botânicos como Adolpho Ducke, George Black, Humberto Marinho Koury, Normélia Vasconcelos, Paulo Cavalcante, Paux Ledoux, Ricardo Fróes, dentre outros, prestaram inestimável colaboração a esse Herbário. As amostras, antes de entrar nas coleções, recebem choque térmico e permanecem por uma semana em freezer a -22º C; anualmente, é realizada fumigação com gás phostoxin a fim de prevenir ataques por fungos e insetos. No intercâmbio científico, prioriza-se atender à solicitação de empréstimo. O acervo encontra-se informatizado utilizando-se o sistema BRAHMS (Botanical Research and Herbarium Management System) e, atualmente, em processo de avaliação e correção das informações e imagens. A informatização contou com apoio financeiro da SUDAM (Superintendência de Desenvolvimento da Amazônia), do PPBio, do Projeto REFLORA Amazônia, do DFID (Department for International Development) e com o suporte técnico da Universidade de Oxford, através do Projeto BRAHMS.